洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落争取天下。炎帝部落老首领之子炽因不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱。炎帝平息了叛乱后，炽下落不明。不久，炎帝被黄帝打败之后，突然隐姓埋名远走他乡。多年后炎帝化名为神农，尝百草救世人。多年后，炽化名为瘟神，处处与神农作对，更制造出瘟疫，祸害世人，令神农苦苦无法破解。

炎帝部落的衰落使得争取天下的大战将在黄帝和蚩尤间展开。一次，双方交战正酣，突闻各自部下来报：自己部落中发生大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收兵，赶回各自部落查看救援。

黄帝发现自己的很多子民在这场大瘟疫中患病、丧生，忧心如捣。人群中，黄帝发现了帮助救治病人的神农。两个老对手再次相逢。黄帝对神农既充满怨恨又十分敬重。尽管神农用尽了方法，也只能暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻底的消除瘟疫。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。