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故事讲诉了遭受校园暴力的女高中生真子，在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她唯一的心灵安慰。她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南，真子开始了忍者修行，而《雷风刃》中的反派原田堪助出现在了现实世界。