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在很久以前，独立于地球之外的数码宝贝世界由大量的数码密码组成，上面生活着人形、兽形两种数码兽。远古时代，人形、兽形数码兽之间总是发生冲突，数码世界战争不断。就在战火纷飞的时候，光明兽以一己之力平息了数码兽之间的战争，成为了数码世界的统治者。但后来，他逐渐变得专制、独裁，并开始不断地虐待身边的数码兽，最终十斗士挺身而出，将他封印在了数码世界的黑暗区域。封印光明兽之后，古代十斗士将斗士之魂交付给数码宝贝世界的三大天使掌管（炽天使兽、智天使兽、座天使兽），此后，数码世界在三大天使的统治下得到和平。 被封印在黑暗区域的光明兽并没有死心，他通过邪气感染了三大天使中唯一的兽形智天使兽，并借智天使兽之手感染更多数码兽使他们变得残暴，在世界各地不断吞食数码密码来传给自己，以求复活。智天使兽被光明兽所谓“兽形数码宝贝天生神力，不应该与人型数码宝贝分享世界”的邪念蛊惑，不但攻击同伴炽天使兽将其封印，而且对同伴座天使兽出手，将她软禁了起来。之后，智天使兽将自己拥有的五个斗士之魂（水、木、钢、土、暗）变为邪恶斗士为自己效力，其中暗系斗士之魂总是找不到契合的数码兽来容纳，最后在一个人类的孩子（木村辉一）身上却完美融合，智天使兽把他变为暗之斗士，让他们为自己收集数码密码。 面对数码世界的灾难，座天使兽通过神识向邻近的人类世界发出了求救信号，一部分接到电话的孩子们进了数码世界。 [1] 而在这些予以回应的孩子们中，只有神原拓也、源辉二、冰见友树、织本泉和柴山纯平5位少年得以分别继承炎、光、冰、风、雷系斗士之魂。在座天使兽的引导下，五位少年不仅找到了属于自己的斗士之魂并进化成十斗士，还打败了邪恶斗士，集合十斗士的力量打败了叛乱的智天使兽。打败智天使兽后，孩子们才意识到毁灭数码世界的始作俑者是光明兽。为了复活，光明兽利用君主兽、领主骑士兽收集数码世界的数据。孩子们在一次次的冒险经历后得以成长，集合了十斗士的力量打败了敌人，夺回了数码世界。